Buvęs Karo mokyklos auklėtinis ir partizaninio judėjimo vadas generolas Jonas Žemaitis-Vytautas, kurio vardu akademija vadinama nuo 1998 m. lapkričio 20 d., buvo sušaudytas Butyrkų kalėjime, Maskvoje, 1954 m. lapkričio 26 d. už tai, kad visą savo gyvenimą skyrė Lietuvai ir kovai už jos laisvę, vadovavo bendraminčiams – kariams ir partizanams.